全民奇迹的副本系统是游戏核心玩法之一，包含剧情副本、日常副本、组队副本和万魔塔等多种类型。剧情副本作为主线任务贯穿游戏玩家通过挑战骷髅王殿、仙踪秘境、冰后大殿等地图推进剧情，同时获取基础装备和宝石奖励。日常副本分为经验副本与金币副本，前者每日可挑战三次用于快速升级，后者每日一次提供绑定金币资源。组队副本强调团队协作，需合理搭配职业并沟通战术，通关后能获得声望、晶石等稀有资源。万魔塔采用逐层攀升机制，每层怪物强度递增，通关时间有限制，奖励包含羽毛、神鹰火种等强化道具。
副本挑战需结合职业特性与操作技巧。法师擅长用黑龙波群攻引怪，战士依赖近战爆发，弓箭手则需保持远程输出距离。无论何种职业，均需观察BOSS攻击模式，及时躲避红圈范围技能。精英模式下的巴洛克等BOSS需采用移动输出策略，避免硬抗伤害。日常副本追求SSS评价需控制通关时间在一分钟内，可通过边打边引怪的方式提升效率。组队副本中复活石的使用时机、技能释放顺序的协调直接影响通关成功率。
日常副本在转生前务必完成，否则进度重置。万魔塔挑战前需储备药水等增益道具以应对高层压力。装备强化优先级应结合副本需求，例如组队副本优先提升防御属性，而经验副本侧重攻击效率。技能升级资源优先分配给核心输出或控制技能，例如法师的激光术、战士的霹雳回旋斩。翅膀系统通过羽毛和神鹰火种升级，能显著提升副本通关效率。
剧情副本根据通关评分提供额外成就奖励，炼狱模式掉落更高品质装备。组队副本的声望值可用于兑换特殊道具，晶石则是装备洗练的关键材料。万魔塔的层数奖励呈阶梯式增长，高层奖励包含稀有外观道具。所有副本产出的绑定资源需通过特定NPC回收，非绑定资源可自由交易。合理利用副本CD时间，交替挑战不同类型副本能最大化收益。
