疯狂动物园中隐藏动物的获取需要满足特定条件，这些动物不会直接出现在常规列表中。草原地图的隐藏动物包括暗黑野牛，需骑同一只野牛跑700米；特洛伊斑马需连续换乘7种不同草原动物；油炸狮要求用同一只狮子连续吃30个动物；机械秃鹰出现在1400米后中间的大石头上，需借助长颈鹿或大象狂暴状态跳上去捕捉。丛林地图的鸭嘴河马需骑同一只河马跑1600米，恐龙犀牛需连续换乘7种丛林动物，三嘴鸟需从巨嘴鸟身上起跳100米并安全换乘。山脉地图的苏-24战斗熊需骑同一只老鹰飞行2000米，蒸汽朋克牦牛需撞倒10只动物，纯黑鹿需连续换乘8种不同动物。
隐藏动物的触发机制与地图环境和动物行为密切相关。例如机械秃鹰需在特定高度的大石头上出现，而罗宾汉鹰需沿跑道边缘灌木丛方向飞出至最远山峰。澳洲地图的炸弹袋熊需袋熊一次撞击4只动物，变色骆驼需连续换乘8种澳洲动物。极地地图的仙女企鹅需连续换乘8种极地动物，机械狐狸需骑同一只狐狸跑1500米。这些条件设计体现了游戏对玩家操作技巧和地图熟悉度的双重考验，部分动物如雄鸡鳄还受现实时间影响，仅在设备时间的早晨出现。
使用河马连续撞击15只动物可触发鸭嘴河马，而骑乘耗牛撞击10只动物才能获得蒸汽朋克。部分稀有动物如幽灵企鹅需在冬季游戏时间内出现，且需在草地区域放置20只企鹅。神秘海豚的触发更依赖时间设定，必须在晚上8点至凌晨4点间游戏才可能遇见。这些机制要求玩家不仅具备熟练的操作能力，还需对游戏内时间系统和生态环境有充分理解。
游戏中的隐藏动物分为环境触发型和任务达成型两类。环境触发型如机械秃鹰和罗宾汉鹰依赖地图特定位置，任务达成型如油炸狮和恐龙犀牛需要完成连续动作。部分BOSS级隐藏动物如骷髅象和外星长颈鹿通过随机任务出现，而宙斯天马等特殊动物需在奥林匹斯山地图完成特定挑战。捕捉过程中需注意区分撞飞与吃掉的动作判定，犀牛、野牛等大型动物的冲锋撞击才符合任务要求。
成功驯服隐藏动物能显著提升动物园的吸引力和经济收益。这些稀有动物往往具有独特外观和特殊技能，如资本鹰的山姆大叔造型源自文化原型，马歇犀牛的设计灵感来自默剧大师马歇·马叟。游戏通过将现实元素转化为拟兽化设计，既增加了收集趣味性，也强化了文化符号的创意表达。部分动物如哥斯拉新娘虽名称关联怪兽电影，实际是身披婚纱的鳄鱼形象，这种设计体现了游戏对流行文化的戏谑重构。
