副本系统是放开那三国3中提升战力的核心玩法之一，分为普通副本和精英副本两种类型。普通副本是基础挑战，通关后可解锁精英副本，后者难度更高但奖励更丰富，包括银币、战将招募令和元宝。每个副本都有三个星级挑战任务，完成全部任务可获得额外奖励。副本中还隐藏着彩蛋和奇遇事件，探索地图中的宝箱或特殊NPC可能触发元宝或稀有道具奖励。
精英副本需要优先关注敌方阵容和技能机制。部分副本存在战力压制设定，当敌方平均战力超过己方15%时，会触发伤害减免效果。建议通过装备精炼、将星系统缩小战力差距。针对BOSS类敌人，需观察其技能前摇动作，利用控制型武将如郭嘉、张辽进行打断循环。属性克制机制也需重视，遵循火→风→地→水→火的五行循环规则，克制方可造成120%伤害。
通用阵容推荐前排典韦或赵云承担防御职责，中排配置周瑜、诸葛亮提供群体伤害和控制。特殊副本如限时挑战类，可舍弃防御武将，全队采用马超、吕布等高爆发角色快速击杀目标。对于隐藏关卡，需留意副本地图中的留言板提示，部分隐藏入口位于场景边缘或交互元素背后，例如水上寨子或山洞等区域。
每日体力建议优先消耗于活动副本，其次精英副本，最后主线副本。装备养成方面，紫色品质以下无需精炼超过+5，金色装备优先强化武器和鞋子。武将培养应集中资源突破核心输出至三星，辅助类武将达到二星即可。副本扫荡功能可高效获取进阶材料，但需注意部分高阶材料仅限20章后副本产出。
探索进度是检验副本完成度的重要指标。通关后若未显示完美通关，需根据探索进度提示补全遗漏的拾取点或事件。部分副本设有宝箱守卫，其强度与阵容克制关系密切，若反复挑战失败可调整站位或更换切后排武将。合理利用九宫格布阵系统，将护卫放置于前排中线位置，可有效分散敌方竖排技能伤害。
